La Tierra es devastada por un cataclismo sin precedentes provocado por el Gigante Negro Armaros y la Lanza de Longinus Todo formaba parte de un reinicio para un nuevo «Plan de Complementación Humana». En el Valle de los Cuerpos en el norte de África, Shinji desafía a Armaros, pero es derrotado tras serle arrebatado su propio corazón . El Super Evangelion y la Unidad 02 se fusionan, y Asuka, convertida en el gigante rojo Crimson A1 , logra regresar. Mientras tanto, Rei Ayanami (Rei Torre ) y Kaworu, ambos atormentados por dudas sobre su propia existencia La humanidad intenta lanzar una ofensiva a gran escala para enfrentarse a Armaros y sus subordinados, pero ¿podrá esa flecha alcanzar un poder comparable al de un dios? Una historia que presenta otra posible línea de Evangelion , divergente desde el episodio 24 del anime de televisión, y que llega aquí tras diez años.