El semestre comienza con la clase 3-E teniendo que tomar la difícil decisión de salvar el mundo o salvar al mejor profesor que jamás han tenido. La clase 3-E se prepara para un intenso segundo semestre con el objetivo final de matar a su profesor Koro-sensei antes de que este destruya la tierra en un plazo de 6 meses. Para cumplir su misión tendrán que pulir sus habilidades como asesinos y superar juntos toda clase de obstáculos, desde Itona, el alumno mejorado con células de Koro-sensei, hasta el dios de la muerte, el mejor asesino del mundo, pasando por los intentos de humillarles de la clase A. ¡Y todo ello con Koro-sensei presionándoles continuamente para que saquen las mejores notas y se conviertan en personas de provecho! Pero esto no es más que el preámbulo del examen final en el que tendrán que escoger entre salvar el mundo o salvar al mejor profesor que jamás han tenido.